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1937年“七七事变”，日本帝国主义全面侵华战争开始，不久北平就被日军占领了。由于日美还没有开战，北平协和医学院仍在照常工作。当时所有在周口店发现的北京人化石、山顶洞人化石以及一些灵长类化石，其中有一个非常完整的猕猴头骨，都保存在协和医学院B楼解剖科的保险柜里。因为步达生和后来接替他的魏敦瑞都在那里办公。
1941年，日美关系越来越紧张，许多美国人及侨民纷纷离开中国。魏敦瑞也决定离开中国去美国纽约自然历史博物馆继续研究北京人化石。他走前曾嘱咐他的助手胡承志把所有的北京人化石的模型做好,先做新的，后做旧的，时间紧，越早动手越好。他还特别叮嘱助手，在适当的时候，把所有的化石装箱，运往安全的地方保管。
大约在珍珠港事件前三个星期，魏敦瑞的女秘书希施伯格通知胡承杰把化石装箱。胡承志在征得裴文中的同意后，找到解剖科技术员吉延卿开始装箱。
大家装箱时非常仔细，先把化石用绵纸包好，再用卫生棉和纱布裹上,外边再包一层白软纸后放人小木盒内，盒内也垫上卫生棉，然后分门别类装人两只没刷过漆的大木箱内，木箱与木盒、木盒与木盒之间还垫上了瓦楞纸。两只木箱一大一小，装好后，只在木箱上分别注上“Case1”和“Case2”的标记，随后送到协和医学院总务处长、美国人博文的办公室，后来箱子又由博文转运到了F楼4号保险库内。自此，北京人化石、山顶洞人化石及一些灵长类化石等全部没有了下落。
据说，珍珠港事件前，原打算把这两箱化石交给美国驻华大使詹森,托他找人带到美国交给当时中国驻美大使胡适保管，待战后再运回中国。美国大使詹森不敢接收,因为中美双方在成立新生代研究室时有协议:不能把所发现的人类化石运往国外。后来还是当了政府经济部长的翁文灏(1948年任行政院长)写了委托书，詹森才同意接收。装有化石的箱子被送往美国海军陆战队,又由美国海军陆战队运往秦皇岛，准备搭乘美国到秦皇岛接送海军陆战队和侨民的哈里森总统号轮船，前往美国。但哈里森总统号轮船在从马尼拉开往秦皇岛途中，正赶上太平洋战争爆发，这艘船被日本击沉于长江口外，所以化石根本没有上船,负责携带这批化石的美医弗利在秦皇岛被日本军俘虏，从此这批世界文化瑰宝就失踪了。
日军占领了协和医学院后，日本就派了东京帝国大学人类学家长谷部言人和高井冬两位助教来协和医学院寻找北京人化石。当他们打开B楼解剖科的保险柜,看到里面装的全是化石模型时，才知道北京人化石被转移了。日本宪兵队到处搜寻，很多人都受到了牵连。协和医学院总务处长博文，甚至连用推车送化石到F楼4号保险库的工人常文学都被捉进宪兵队进行审讯。解剖科的马文昭教授可算是“二进宫”，一次是为北京人化石,一次是为先生的内脏。其实这两件事都与他无关。裴文中在家中也受到讯问，并暂时被没收了居住证。在那个时期，没有居住证是不能离开北平的，连上街行走都会遇到麻烦。
北京人化石丢失后,当时各大报纸都纷纷报道这一消息，再一次震惊世界学术界。尽管日本天皇知道这一消息后，命令日军总司令部负责追查化石的下落，日本军部又派了一名特务，专门到北平、天津、秦皇岛调查此事，但均无结果。从此传说纷纭，谣言四起。
日本投降后,中国政府派代表团寻找被日本侵略者掠去的文物,但其中并没有北京人化石的标本。1946年5月24日，考古学家李济在给裴文中的信中说:“弟在东京找‘北京人’前后约5次,结果还是没找到。但帝大所存之周口店石器与骨器已交出，由总部保管。弟离东京时，已将索取手续办理完毕。”1949年4月30日,时任国民政府驻日本军事代表团团长朱世明向盟军总部递交了一份备忘录,附有一份详细的丢失化石的清单,请盟军对这批重要的科学标本协助进一步查询，仍是没有任何结果。
北京人化石的丢失，牵动着各界人士的心，好多人都自愿出钱出力，搜寻各种线索帮助寻找。但是绝大多数的线索没有任何价值。
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